YUIのfont.cssにてデフォルトCSSを作成して、利用しているのですが、どうもOperaでは、フォントサイズを100%以下にすると、フォントがほかのブラウザより、小さく表示されるバグがあるようです。
で、対処方法の一案がありました。
【解決編】Yahoo! UI Library: Fonts CSSを使うのなら、Operaには気を付けて！ - TRANS [hatena]を参考に。
どうも、YUIの値を若干ずらすということらしい。
YUIも不完全ということでしょうか。。。とりあえず、使えそうな気がします。